W twórczości dla młodzieży Jones poruszała motywy charakterystyczne dla fantastyki naukowej i fantasy, takie jak podróże w czasie, telekineza, klonowanie, zmiany klimatu czy reinterpretacje znanych mitów i dzieł literackich. Do najważniejszych utworów tego nurtu należą między innymi cykl Zanne, osadzony w świecie po katastrofie cywilizacyjnej, The Hidden Ones (1988), (2001), Taylor Five (2005), Snakehead (2007) oraz Proof of Concept (2017). W wielu z tych powieści centralną rolę odgrywają młodzi bohaterowie konfrontujący się z wyzwaniami wynikającymi z rozwoju technologii lub przemian społecznych.
Pierwszą powieścią Jones przeznaczoną dla dorosłych było Divine Endurance z 1984, uznawane za jedno z jej najważniejszych osiągnięć literackich. W kolejnych utworach autorka rozwijała tematykę społeczną, polityczną i filozoficzną, przedstawiając między innymi wizje świata po katastrofie, społeczeństw przyszłości oraz konsekwencji rozwoju technologicznego. Do tego nurtu należą również powieści (1986), Kairos (1988) i Flowerdust (1993), które podejmują zagadnienia związane z przemianami społecznymi, władzą oraz rolą jednostki.