Istotne miejsce w dorobku pisarki zajmuje Aleutian Trilogy, obejmująca powieści White Queen (1991), The North Wind (1994) i Phoenix Café (1997). Cykl wykorzystuje motyw pierwszego kontaktu ludzkości z obcą cywilizacją, podejmując jednocześnie zagadnienia komunikacji międzygatunkowej, różnic biologicznych, płci oraz kultury. Do tego samego uniwersum nawiązuje późniejsza powieść Spirit: The Princess of Bois Dormant (2008), rozwijająca część tematów obecnych w trylogii.
Kolejnym znaczącym przedsięwzięciem literackim Jones był cykl Bold as Love, którego akcja rozgrywa się w niedalekiej przyszłości i łączy elementy science fiction oraz fantasy. W jego skład wchodzą powieści Bold as Love (2001), Castles Made of Sand (2002), Midnight Lamp (2003), Band of Gypsys (2005) oraz Rainbow Bridge (2006). Do późniejszych utworów autorki należy również powieść Life (2004), poświęcona między innymi problematyce inżynierii genetycznej oraz zagadnieniom związanym z płcią.
Oprócz twórczości beletrystycznej Jones zajmuje się także krytyką literacką. Jest autorką zbiorów esejów i tekstów poświęconych literaturze fantastycznej, nauce, technologii, feminizmowi oraz polityce.