1 marca 1972 po uzyskaniu tytułu doktora habilitowanego nauk humanistycznych w zakresie językoznawstwa polskiego (12 czerwca 1971) objął stanowisko samodzielnego pracownika naukowo-badawczego i aż do przejścia na emeryturę, czyli do 31 grudnia 1991, był kierownikiem pracowni. 16 października 1985 roku został profesorem nadzwyczajnym, a z dniem 1 maja 1991 profesorem zwyczajnym.
W l. 1987–1989 wygłosił sześć wykładów dla uczestników kolokwium polonistycznego w Getyndze. Wykładał też w Wyższej Szkole Humanistyczno-Ekonomicznej we Włocławku na tamtejszej filologii polskiej (2001–2006).
Otrzymał dwa Medale ku Czci 100 Rocznicy Śmierci Adama Mickiewicza – polski i włoski, Medal ku Czci Samuela Bogumiła Lindego, Odznakę 1000-lecia Państwa Polskiego, Medal 30-lecia PRL, Medal Brązowy 100-lecia Towarzystwa Naukowego w Toruniu, Medal 25-lecia PAN, Złoty Krzyż Zasługi (1984).
Działalność naukowa Dziełem życia Franciszka Pepłowskiego był Słownik polszczyzny XVI wieku. Do projektu dołączył w roku 1950 w ramach utworzonej w 1949 z inicjatywy prof. Marii Renaty Mayenowej pracowni toruńskiej PAN. Był najpierw zastępcą redaktora naczelnego, przejmując następnie funkcję redaktora naczelnego.