Honorując zasługi profesor Mayenowej, zdecydował, że jego nazwisko, nawet po jej śmierci w 1988 roku, będzie podpisywane nadal pod jej nazwiskiem, jak dotąd – jako zastępcy redaktora. Nawet wówczas, gdy jego zatrudnienie na pół etatu wygasło w maju 1993, nadal kierował naukowo projektem. Profesor Pepłowski z dużym zaangażowaniem propagował Słownik polszczyzny XVI wieku. Ostatnim wydanym za jego życia był tom XXXII (rok 2004). Wydane za jego życia 32 tomy Słownika obejmują tysiące haseł od A do hasła przodujący, czuwał również nad przygotowaniem kolejnych tomów do druku.
Oprócz pracy nad słownikiem publikował inne rozprawy naukowe, jak Zasady wydawania tekstów staropolskich (1955). Jego napisane we współpracy ze Stefanem Hrabcem Wiadomości o autorach i dziełach cytowanych w słowniku Lindego (1963) nadal stanowią podstawowe źródło wiedzy o tekstach wykorzystanych przez XIX- wiecznego leksykografa. W 1974 r. wraz z Januszem Małłkiem opracował wydanie Historyji żałosnej a straszliwej o Franciszku Spierze oraz Ortografiji polskiej Stanisława Murzynowskiego (1528–1553), uzupełnione i wydane po raz drugi w 1986 roku.