Początkowo pełniła rolę asystentki znacznie starszego od siebie męża. Zajmowała się zakładaniem i pielęgnacją ogrodów przy ich londyńskim domu oraz starannie doglądała roślin, umożliwiając mu prowadzenie badań. Dzięki swojemu doświadczeniu literackiemu pomagała również w redagowaniu jego publikacji, zwłaszcza obszernej Encyclopedia of Gardening (1834).
W latach trzydziestych i na początku czterdziestych XIX wieku małżonkowie wspólnie podróżowali po Anglii i Szkocji. John Loudon doradzał przy projektowaniu ogrodów i założeń parkowych oraz pozyskiwał materiał roślinny do swoich książek i czasopism. Jane uczestniczyła także w publicznych wykładach botanika Johna Lindleya w Londynie, aby pogłębić swoją wiedzę i zdobyć materiały do własnych publikacji.
Przez pozostałą część kariery zawodowej Johna Loudona małżonkowie ściśle współpracowali. Oboje uważali, że ogrody są jednocześnie dziełami sztuki i przejawami rozwoju nauki.