Kości śródstopia nie są zrośnięte, co jest cechą bardziej zaawansowanych ewolucyjnie skoczkowatych.
Systematyka thumb|left|Mikroskoczek pięciopalczasty jest jedynym współczesnym przedstawicielem swego rodzaju, a jego najbliższym krewnym jest rodzaj skoczuszek (na zdjęciu skoczuszek gruboogonowy) Nowy gatunek ssaka opisany został pod obecnie stosowaną nazwą przez Satunina w 1903 roku. Jako miejsce typowe badacz podał Scharogol-Dzhin w Nan-Shan w północno-zachodniej Gansu w Chinach.
Jest to jedyny współcześnie żyjący przedstawiciel rodzaju Cardiocranius, zwanego po polsku mikroskoczkiem. Razem z drugim rodzajem Salpingotus zwanym po polsku skoczuszkiem tworzy on podrodzinę Cardiocraniinae czyli mikroskoczki. Umieszczenie jej w odpowiedniej rodzinie bywało już kwestią problematyczną, ponieważ różni autorzy wyróżniali od jednej do sześciu rodzin skoczkowców. Część z nich optowała za podniesieniem każdej z podrodzin do rangi osobnej rodziny i wtedy należałby mikroskoczek do rodziny obejmującej tylko 2 wspomniane wyżej rodzaje. Inna część natomiast optowała za dużą rodziną skoczkowatych obejmującą także smużki i skoczomyszki.