Rozmieszczenie geograficzne thumb|left|Mikroskoczek na znaczku pocztowym ZSRR Mikroskoczek pięciopalczasty jest gatunkiem azjatyckim. Zamieszkuje on wschodni Kazachstan na północ od jeziora Bałchasz, północno-zachodnią i środkową Mongolię, północno-zachodnie i północne Chiny, dokładniej zaś północne Gansu, Mongolię Wewnętrzną, północny Region Autonomiczny Sinciang, Region Autonomiczny Ningxia i zachodnie Qinghai (to ostatnie niewymieniane przez IUCN), a także południową Republikę Tuwy i okolice jeziora Uws-nur. W Mongolii zasiedla głównie tereny blisko północnej granicy, dokładniej takie jak Kotlina Wielkich Jezior poprzez Dolinę Jezior, dżungarską, północną, wschodnią, transałtajską i alaszańską pustynię Gobi. Opisywany obszar występowania w Chinach i Mongolii prawdopodobnie jest mniejszy niż rzeczywisty i cały czas podawane są nowe miejsca, gdzie występuje.
Zwierzę żyje na wysokości do 700 m nad poziomem morza.