Ekologia Jak i inne skoczkowate, często zajmujące siedliska suche, półpustynne, mikroskoczek pięciopalczasty jest zwierzęciem pustynnym. Jego siedlisko stanowią pustynie i półpustynie, w tym pustynie kamieniste i piaszczyste w dolnych partiach wzgórz, półpustynie, suche i pustynne stepy, pokryte żwirem równiny. Zamieszkuje obszary porosłe wiechlinowatymi, jak ostnica (szczególnie Stipa orientalis czy Stipa sareptana w środkowym Kazachstanie czy też w Mongolii), karaganą, bylicami Artemisia arenaria, Cleistogenes songorica.
Gatunek ten żywi się ziarnami. Zjada głównie ziarna ostnicy.
Zwierzę wykorzystuje nory innych stworzeń, w tym należących do tej samej rodziny, ale też chomikowatych i suwaków.
Zagrożenia i ochrona IUCN przyznaje mikroskoczkowi pięciopalczastemu status gatunku niedostatecznie rozpoznanego (DD). Co prawda w 1996 organizacja uznała mikroskoczka pięciopalczastego za gatunek narażony na wyginięcie, ale w kolejnej ocenie w 2006 zrewidowała swą klasyfikację, wskazując DD, co podtrzymała w kolejnej ocenie opublikowanej w 2016. IUCN podnosi brak adekwatnych informacji dotyczących gatunku. Podejrzewa jednak, że może on być gatunkiem najmniejszej troski.
Nieznana jest liczebność populacji ani jej trend.