Prace rozpoczęto na terenach dawnych płycizn, mokradeł i salin położonych na wschód od miasta.
Pierwszy statek oceaniczny, jugosłowiańska jednostka Gorica, zacumował przy nowym nabrzeżu w grudniu 1958 roku. W początkowym okresie działalności port obsługiwał głównie drobnicę, drewno, produkty rolne i towary przeznaczone na rynek jugosłowiański.
Rozbudowa w okresie jugosłowiańskim Podstawowym ograniczeniem rozwoju portu był początkowo brak bezpośredniego połączenia z siecią kolejową. Linię kolejową łączącą Koper z Divačą uruchomiono w 1967 roku. Umożliwiła ona przewóz towarów do Lublany, Austrii, Węgier i innych obszarów Europy Środkowej.
W 1963 roku port uzyskał status wolnego obszaru celnego. W następnych dziesięcioleciach rozbudowywano kolejne nabrzeża i magazyny oraz tworzono terminale wyspecjalizowane w obsłudze poszczególnych rodzajów ładunków. Regularne połączenie kontenerowe uruchomiono w 1974 roku, a terminal kontenerowy oddano do użytku w 1979 roku.
W 1984 roku ukończono terminal węgla i rudy żelaza, a w 1988 roku uruchomiono silos zbożowy.