Rozwój infrastruktury pozwolił portowi rozszerzyć działalność poza rynek jugosłowiański i zwiększać udział w obsłudze handlu zagranicznego państw środkowoeuropejskich.
Po 1991 roku Po ogłoszeniu przez Słowenię niepodległości w 1991 roku Koper stał się głównym portem morskim nowego państwa. W październiku tego roku z portu odpłynęli ostatni żołnierze Jugosłowiańskiej Armii Ludowej wycofywani ze Słowenii.
W 1996 roku przedsiębiorstwo zarządzające portem zostało przekształcone w spółkę akcyjną Luka Koper. W tym samym roku uruchomiono terminal samochodowy, którego rozwój stał się jednym z głównych kierunków działalności portu. W kolejnych latach powstawały wielopoziomowe garaże, nowe place składowe i stanowiska przeładunkowe dla samochodów.
W 2008 roku Luka Koper i Republika Słowenii zawarły umowę koncesyjną dotyczącą prowadzenia działalności portowej oraz zarządzania, rozwoju i utrzymania infrastruktury portowej. Koncesję przyznano na 35 lat.
W 2011 roku przeładunki kontenerowe po raz pierwszy przekroczyły 500 tys. TEU. W 2013 roku port został włączony do śródziemnomorskiego oraz bałtycko-adriatyckiego korytarza transeuropejskiej sieci transportowej TEN-T.