Zarządzanie Zarządcą i głównym operatorem portu jest Luka Koper d.d., spółka z siedzibą w Koprze. Prowadzi ona działalność portową na podstawie koncesji udzielonej przez Republikę Słowenii. Do jej zadań należą przeładunek i składowanie towarów, utrzymanie infrastruktury, organizowanie ruchu wewnątrz portu oraz realizacja inwestycji rozwojowych.
Republika Słowenii pozostaje większościowym akcjonariuszem spółki. Jej akcje są notowane na Giełdzie Papierów Wartościowych w Lublanie. Na obszarze portu działają również przedsiębiorstwa spedycyjne, agencje morskie, operatorzy logistyczni, przewoźnicy kolejowi oraz służby celne, graniczne i weterynaryjne.
Infrastruktura Port jest podzielony na trzy baseny, przy których znajdują się nabrzeża i wyspecjalizowane terminale. Poszczególne części portu są przystosowane do obsługi kontenerów, samochodów, drobnicy, ładunków masowych, towarów chłodzonych, produktów płynnych, drewna, zbóż i zwierząt gospodarskich.
Terminal kontenerowy jest położony przy pierwszym basenie. Dysponuje nabrzeżami wyposażonymi w suwnice kontenerowe, placami składowymi, bocznicami kolejowymi oraz stanowiskami dla kontenerów chłodniczych.