Od późnego średniowiecza największe miasta obecnej Istrii Słoweńskiej przechodziły pod panowanie Republiki Weneckiej. Koper został podporządkowany Wenecji w 1279 roku, Izola w 1267 roku, a Piran w 1283 roku. Weneckie rządy utrzymały się do 1797 roku i wywarły trwały wpływ na ustrój miejski, architekturę, język, sztukę i gospodarkę wybrzeża.
W okresie weneckim Koper pełnił funkcję głównego ośrodka administracyjnego Istrii, natomiast Izola i Piran rozwijały się dzięki żegludze, rybołówstwu, produkcji soli, handlowi i rolnictwu. Wsie położone w głębi lądu dostarczały miastom wina, oliwy, zboża, drewna i produktów hodowlanych. Rozwój regionu przerywały wojny, epidemie i spadki liczby ludności, uzupełniane przez migracje z innych części półwyspu i Bałkanów.
Okres habsburski i włoski Po upadku Republiki Weneckiej w 1797 roku region został przejęty przez Monarchię Habsburgów. W latach 1805–1813 znajdował się pod panowaniem francuskim, początkowo jako część Królestwa Włoch, a następnie Prowincji Iliryjskich. Po 1813 roku ponownie znalazł się pod władzą austriacką i został włączony do Pobrzeża Austriackiego.