W 1690 roku zwołał synod diecezjalny. W tym samym okresie uporządkował archiwum biskupie i odnowił kaplicę w pałacu biskupim. W 1692 roku polecił umieścić w pałacu cykl portretów poprzednich biskupów koperskich wraz z ich herbami. Działania te służyły uporządkowaniu administracji diecezjalnej oraz utrwaleniu pamięci o miejscowej sukcesji biskupiej.
Podczas trwającego 27 lat episkopatu przeprowadzał wizytacje parafii i instytucji kościelnych. Zgromadzone podczas nich informacje wykorzystał następnie w przygotowywanym opisie diecezji. Jego rządy przypadły na okres, w którym biskupstwo koperskie pozostawało częścią struktur kościelnych i politycznych Republiki Weneckiej.
Seminarium głagolickie Już w 1689 roku Naldini rozpoczął przygotowania do utworzenia w Koprze seminarium dla duchownych słowiańskich, określanego w literaturze jako seminarium głagolickie lub iliryjskie. Jego zadaniem było kształcenie kandydatów do kapłaństwa przeznaczonych do pracy w parafiach zamieszkanych przez ludność słowiańskojęzyczną oraz podniesienie poziomu przygotowania duchownych stosujących liturgię głagolicką.