Seminarium rozpoczęło działalność w 1711 roku, pod koniec życia Naldiniego, i funkcjonowało do 1728 roku. Była to jedna z pierwszych instytucjonalnych prób systematycznego kształcenia duchowieństwa głagolickiego na obszarze północnego Adriatyku. Powstanie szkoły wynikało zarówno z potrzeb duszpasterskich diecezji, jak i ze zróżnicowania językowego jej mieszkańców.
Kościół św. Błażeja Naldini pozostawał związany z żeńskim klasztorem augustianek przy kościele św. Błażeja w Koprze. Na początku XVIII wieku z własnych środków wsparł gruntowną restaurację znajdującej się w złym stanie średniowiecznej świątyni. Inskrypcja umieszczona nad wejściem wskazuje, że kościół został ponownie poświęcony w 1701 roku świętym biskupom Błażejowi i Augustynowi.
W 1702 roku opatka i zakonnice upamiętniły fundatora portretowym popiersiem z herbem biskupim. Jego herb umieszczono także na dwóch bocznych ołtarzach, najprawdopodobniej ufundowanych przez niego. Naldini wybrał kościół św. Błażeja na miejsce swojego pochówku i jeszcze za życia polecił przygotować płytę nagrobną. Inskrypcję wykonano w 1706 roku, pozostawiając miejsce na wpisanie daty śmierci.
Naldini zmarł 21 kwietnia 1713 roku w Koprze i został pochowany w kościele św. Błażeja.