Prace przeprowadzone około 1701 roku nie polegały na wzniesieniu całkowicie nowej świątyni, lecz na barokowym przekształceniu zachowanego średniowiecznego korpusu.
Napis umieszczony nad głównym wejściem informuje, że w 1701 roku Naldini ponownie poświęcił świątynię świętym biskupom: jej patronowi Błażejowi oraz Augustynowi, założycielowi tradycji zakonnej augustianów. W 1702 roku opatka i zakonnice ufundowały kamienne popiersie biskupa jako wyraz wdzięczności za sfinansowanie odbudowy kościoła.
Popiersie Naldiniego umieszczono po prawej stronie nawy pomiędzy dwoma ołtarzami bocznymi. Oba ołtarze noszą herb biskupa i najprawdopodobniej zostały zamówione z jego inicjatywy. Pod popiersiem znajduje się kartusz podtrzymywany przez putto oraz łacińska inskrypcja upamiętniająca odnowienie niemal zrujnowanej świątyni na koszt Naldiniego.
Losy w XIX–XXI wieku Klasztor augustianek funkcjonował jeszcze na początku XIX wieku. W okresie likwidacji licznych koperskich klasztorów przetrwał początkową fazę reform napoleońskich;