W 1320 roku biskup pomocniczy Hermann z Pasawy konsekrował powiększony romański kościół pod wezwaniem Matki Bożej Wspomożenia Wiernych. W średniowiecznych źródłach świątynia występowała jako Maria-Hilf-Kirche. Jej rozbudowa wiązała się ze wzrostem liczby mieszkańców Hallstatt i rozwojem państwowego górnictwa soli.
Budowę obecnego kościoła rozpoczęto w XV wieku. Ze względu na brak wolnego terenu część skalnego zbocza wykorzystano jako kamieniołom, z którego pozyskiwano materiał budowlany, natomiast od strony jeziora wykonano masywny mur oporowy podtrzymujący taras kościelny. Późnogotycki korpus ukończono w 1505 roku.
Południowy portal wykonano w 1519 roku. Nad wejściem powstały malowidła ścienne przedstawiające m.in. św. Krzysztofa, którego kult miał szczególne znaczenie dla mieszkańców przewożących sól i inne towary przez jezioro. Freski są przypisywane nieznanemu artyście pozostającemu pod wpływem szkoły naddunajskiej.
W okresie reformacji znaczna część górników i mieszkańców Hallstatt przyjęła luteranizm. Kościół był okresowo użytkowany przez protestantów, lecz w wyniku działań kontrreformacyjnych został przywrócony katolikom.