6 października 1954 została razem z Wyszyńskim i Skorodeckim przeniesiona do klasztoru franciszkanów w Prudniku. Pozostawała przy prymasie do 28 października 1955, kiedy poinformowano ich o przeniesieniu Wyszyńskiego do klasztoru nazaretanek w Komańczy.
Materiały aparatu bezpieczeństwa oraz pamiętnik Graczyk wskazują, że pomiędzy nią a Skorodeckim narastała wzajemna nieufność. Oboje podejrzewali się o prowadzenie notatek i kontakty z pilnującymi więźniów funkcjonariuszami. Wyszyński i Skorodecki układali na pozostawianych dokumentach drobne przedmioty, aby sprawdzać, czy podczas ich nieobecności ktoś przeglądał papiery.
Meldunki i pamiętnik Graczyk sporządzała dwa rodzaje zapisków: właściwe meldunki przeznaczone dla funkcjonariuszy aparatu bezpieczeństwa oraz osobisty pamiętnik prowadzony w formie dziennika.
Według Ewy K. Czaczkowskiej regularne meldunki zachowały się z okresu od 16 października 1953 do 23 czerwca 1955. Z późniejszego okresu pobytu w Prudniku zachowały się jeszcze trzy doniesienia. Bączek podał, że cała teczka pracy „Ptaszyńskiej”, obejmująca również materiały sprzed pobytu przy prymasie i po jego zakończeniu, składa się z czterech tomów i liczy ponad 1600 kart.