Przygotowaniem postępowania zajmowała się komisja koordynacyjna złożona z przedstawicieli Ministerstwa Sprawiedliwości, prokuratury, StB i Państwowego Urzędu do Spraw Kościelnych. Przed rozpoczęciem rozprawy sędziowie i prokuratorzy omawiali scenariusz procesu, podział pytań oraz oczekiwany sposób prowadzenia przesłuchań. Wina oskarżonych i zasadnicza wysokość kar były uzgadniane poza salą sądową.
Oskarżeni W procesie sądzono dziesięciu zakonników:
– premonstratens, od 1945 roku opat klasztoru w Novej Říši, były więzień niemieckich obozów koncentracyjnych Auschwitz, Buchenwald i Dachau; – premonstratens, opat klasztoru w Želivie, kaznodzieja i wychowawca młodzieży; – jezuita, filozof i teolog, od 1945 roku prowincjał czeskiej prowincji Towarzystwa Jezusowego; Silvestr Braito – dominikanin, teolog i profesor w Ołomuńcu, założyciel i redaktor naczelny czasopisma Na hlubinu; – słowacki duchowny greckokatolicki i redemptorysta, wykładowca seminarium zakonnego w Obořišti, znawca chrześcijaństwa wschodniego i rosyjskiej myśli religijnej; Adolf Kajpr – jezuita, kaznodzieja i publicysta, były redaktor naczelny tygodnika Katolík, w latach 1941–1945 więzień niemieckich obozów koncentracyjnych; – jezuita, duszpasterz młodzieży i redaktor czasopisma Dorost; – redemptorysta, misjonarz ludowy i minister domu zakonnego