Bonifratrów przy ul. Traugutta i od samego początku jej działalność była sprofilowana na diagnostykę i leczenie chorób alergicznych i bronchoobturacyjnych. Po nagłej śmierci profesora Chachaja w 1980 r. kierownictwo Kliniki objął prof. Małolepszy i sprawował je aż do swojej emerytury w 2003 r. W tym czasie przekształcił Klinikę w jeden z wiodących ośrodków alergologicznych w Polsce (w 1981 r. nazwę zmieniono na Klinika Chorób Wewnętrznych i Alergologii). Jego główne kierunki badawcze dotyczyły alergologii klinicznej i astmologii.
Był autorem ponad 370 publikacji naukowych i 10 rozdziałów w monografiach naukowych oraz redaktorem monografii „Choroby alergiczne i astma”, promotorem 25 dysertacji doktorskich i opiekunem 11 rozpraw habilitacyjnych.
Był organizatorem i pierwszym dziekanem Wydziału Pielęgniarskiego Akademii Medycznej we Wrocławiu w latach 1978–1981, prorektorem ds. klinicznych w latach 1984-1987 oraz członkiem Senatu Uczelni trzech kadencji. Był też członkiem Komitetu Badań Naukowych oraz przewodniczącym Komisji Terapii Kontrolowanej Komitetu Terapii i Nauk o Leku PAN.