Część zabudowań klasztornych została rozebrana, a na jej miejscu wytyczono dwie ulice.
Dominikanie wrócili do świątyni w 1585 roku, rozpoczęli odbudowę kościoła i przywracanie go do wymagań liturgii katolickiej. Zabudowania klasztorne odbudowano w latach 1605–1662. W 1624 roku biskup wmurował kamień węgielny pod budowę nowego transeptu i prezbiterium. Mimo panującego baroku, zdecydowano się na styl gotycki, by zachować jedność stylistyczną. W 1634 roku wzniesiono nowe sklepienie korpusu nawowego. W 1639 roku świątynię konsekrował biskup . 1 czerwca 1679 roku w sygnaturkę nad skrzyżowaniem naw uderzył piorun, wskutek czego spłonął dach nad korpusem nawowym, a zachodni szczyt zawalił się, przebijając sklepienie i niszcząc organy. Dach nawy głównej zmieniono na czterospadowy, a w latach 1680–1681 wzniesiono nową wieżę według projektu .
W 1794 roku, w okresie rewolucji francuskiej, liczne dzieła sztuki z kościoła, w tym obrazy Rubensa, van Dycka i Jordaensa zostały wywiezione z kościoła do Francji jako łup wojenny. W 1796 roku zakonnicy zostali wysiedleni z klasztoru za rekompensatę finansową. W tym okresie przepadła znaczna część archiwów klasztornych.