W 1797 roku kompleks został odkupiony na aukcji przez przeora Peltiersa, który uzyskał środki na zakup dzięki zrzeknięciu się obligacji emerytalnych przez zakonników oraz datkom wiernych z . 9 maja 1798 roku Peltiers, w przeciwieństwie do większości duchowieństwa, złożył przysięgę sprzeciwu wobec francuskiej monarchii, licząc na udzielenie przez rewolucjonistów zgody na ponowne otwarcie świątyni. Gdy w 1800 roku władze napoleońskie zezwoliły na otwarcie kościołów, kościół św. Pawła w Antwerpii był jednym z pierwszych przywróconych do celów sakralnych. W 1803 roku rada miejska odkupiła świątynię od Peltiersa i przeniosła tu siedzibę parafii św. Walburgi (stan techniczny kościoła św. Walburgi uznano za zbyt słaby, by mógł dalej służyć wiernym). W 1815 roku do świątyni wróciła część wywiezionych dzieł sztuki.