Komisarz wyborczy zarządził referendum odwoławcze na 24 maja 2026 roku. Zgodnie z przepisami referendum odwoławcze było ważne, jeżeli uczestniczyło w nim co najmniej 3/5 liczby osób, które wzięły udział w wyborze odwoływanego organu. W II turze wyborów prezydenta Krakowa 21 kwietnia 2024 roku uczestniczyło 264 257 osób, dlatego w referendum dotyczącym prezydenta wymagany próg wynosił 158 555 głosujących. Miszalski zaapelował do mieszkańców, którzy chcieli pozostawienia go na stanowisku, aby nie uczestniczyli w referendum, ponieważ utrzymanie frekwencji poniżej wymaganego progu powodowałoby nieważność głosowania i pozwoliłoby mu zachować urząd.
24 maja 2026 roku w referendum dotyczącym odwołania prezydenta wzięło udział 176 228 osób, czyli 29,99% uprawnionych. Oddano 175 212 ważnych głosów: 171 581 za odwołaniem Miszalskiego i 3631 przeciwko. Referendum było ważne. Następnego dnia Aleksander Miszalski opublikował nagranie, w którym uznał wynik referendum i zapowiedział ustąpienie z urzędu.
Zarządzenie wyborów Wyznaczenie terminu przedterminowych wyborów było uzależnione od ostatecznego rozstrzygnięcia postępowania dotyczącego ważności referendum.