Terytoria są umieszczane po prowincjach w kolejności ich utworzenia.
Kolejność ta wygląda tak: Ontario (1867) Quebec (1867) Nowa Szkocja (1867) Nowy Brunszwik (1867) Manitoba (1870) Kolumbia Brytyjska (1871) Wyspa Księcia Edwarda (1873) Saskatchewan (1905) Alberta (1905) Nowa Fundlandia i Labrador (1949) Terytoria Północno-Zachodnie (1870) Jukon (1898) Nunavut (1999)
W oficjalnych zestawieniach flaga Kanady zajmuje miejsce pierwszeństwa przed flagami prowincji i terytoriów. Wyjątkiem są określone sytuacje związane z flagami osobistymi monarchy, gubernatora generalnego oraz wicegubernatorów w obrębie ich właściwości. W Quebecu obowiązują ponadto szczególne przepisy władz prowincjonalnych dotyczące pierwszeństwa flagi Quebecu na budynkach pozostających pod ich jurysdykcją.
Poza swoją główną flagą, część prowincji dodatkowo uznaje flagę mniejszości frankofońskiej za swój oficjalny symbol.
Każdy wicegubernator prowincji, oraz komisarz terytorium, posiada swój sztandar osobisty.