Po obu stronach nawy znajdowały się po trzy płytkie, arkadowe wnęki pełniące funkcję kaplic bocznych.
Wnętrze nawy miało około 9 m szerokości, prezbiterium było o około metr węższe, a kruchta miała około 7,4 m szerokości. Całkowita długość wnętrza wynosiła około 29,5 m.
Przęsła nawy rozdzielały pary pilastrów. Prawdopodobnie przechodziły one w gurty sklepienia kolebkowego z lunetami. Oryginalne sklepienie tego rodzaju zachowało się w dawnym zachodnim chórze zakonnym.
Nad kruchtą znajdował się chór muzyczny, wsparty na czterech murowanych filarach. Podstawy tych podpór zostały odsłonięte podczas badań archeologicznych w 2010 roku.
Według inwentarza z 1816 roku kościół oświetlało siedem dużych i dwa małe okna. Sześć dużych okien znajdowało się w górnych partiach bocznych ścian trzech przęseł nawy, a dwa niewielkie otwory mogły znajdować się w ścianie zamykającej prezbiterium.
Chóry zakonne
Charakterystycznym elementem układu były dwa chóry zakonne znajdujące się po wschodniej i zachodniej stronie prezbiterium. Od części dostępnej dla wiernych oddzielały je kraty. Takie rozwiązanie wynikało z klauzurowego charakteru wspólnoty wizytek.