Kościół wraz z oboma chórami zakonnymi tworzył w rzucie układ przypominający literę T. Czesław Hadamik określił tak ukształtowaną przestrzeń sakralną jako rozwiązanie wyjątkowe wśród polskich kościołów zakonnych. Chóry dzieliły jednocześnie wnętrze klasztornego czworoboku na trzy wirydarze.
Fasada i otoczenie
Pierwotna fasada kościoła nie dominowała nad bryłą klasztoru. Była zaznaczona jedynie płytkim ryzalitem w północnym skrzydle zespołu. Badania wskazują, że portal wejściowy mógł być flankowany przez dwie pary pilastrów, a fasadę wieńczył prosty trójkątny przyczółek. Pod względem kompozycji wykazywała podobieństwa do pobliskiego kościoła kapucynów.
Sam kościół był pierwotnie bezwieżowy i nakryty wysokim dachem dwuspadowym. Przed jego fasadą znajdowała się natomiast reprezentacyjna brama flankowana dwiema wieżami z barokowymi hełmami. Jest ona widoczna na obrazie Filipa Dombecka z około 1826 roku. Na litografii z 1839 roku bramy już nie przedstawiono, co wskazuje, że została rozebrana przed przebudową lub w czasie przekształcania świątyni na cerkiew.
Autorstwo projektu