Przywilej lokacyjny wystawiony został dla Jacoba Knosla i Bartuscha Prusa.
Kolejny raz Jonkowo zostało spalone podczas wojny trzynastoletniej (1454–1466), tym razem przez wojska krzyżackie. Opuszczone włóki w Jonkowie zasiedlał nowymi osadnikami jeszcze w latach 1516, 1518 i 1521 Mikołaj Kopernik jako administrator dóbr kapituły warmińskiej. W Jonkowie Kopernik był dwa razy.
Parafia w Jonkowie pojawiła się w wykazie parafii warmińskich pod koniec XV w., a na początku XVI w. została zapisana do archiprezbiteriatu dobromiejskiego.
18 września 1580 r., kościół wybudowany pod koniec XIV wieku, konsekrował biskup Marcin Kromer, ku czci św. Jana Chrzciciela.
W 1656 r. w Jonkowie było dwóch sołtysów, dwóch wolnych gospodarzy,14 chłopów (włościan) i jedna karczma.
Po wkroczeniu armii szwedzkiej na Warmię w 1703 r. Jonkowo (tak jak i inne okoliczne miejscowości) zostały obłożone wysoką kontrybucją, która doprowadziło je do ruiny. W czasie epidemii dżumy w 1710 r. w Jonkowie zmarło 124 mieszkańców. Po wygaśnięciu epidemii na Warmii, kiedy rozwinął się kult św. Rocha, patrona przeciw zarazie, Jonkowo odwiedzały liczne pielgrzymki warmińskie. W tym czasie sołtysami w Jonkowie byli Marcin Barczewski i Jan Lewandowski. W 1714 r. kościół został rozbudowany od strony północnej i południowej. 14 czerwca 1715 r.