kościół był ponownie konsekrowany przez sufragana warmińskiego Jana Franciszka Kurdwanowskiego, ku czci św. Jana Chrzciciela i św. Rocha. Po kolejnej przebudowie kościół w Jonkowie był ponownie konsekrowany przez biskupa Ignacego Krasickiego 28 października 1789 r. Biskup Krasicki zachęcał miejscową ludność do utrzymywania nowo wybudowanej szkoły, na którą rząd pruski przekazał sumę 100 talarów. W tym czasie nauczycielem w szkole był wówczas Józef Bolewski.
3 lutego 1807 r. w okolicach Jonkowa miało miejsce starcie znane jako bitwa pod Olsztynem lub bitwa pod Jonkowem. Wówczas w Olsztynie, Gutkowie i Jonkowie przebywał (wraz ze swoimi wojskami) cesarz Francuzów Napoleon Bonaparte, który dowodził walkami z Rosjanami.
Na początku XIX w. we wsi mieszkało około 286 osób. W połowie XIX w. zaczęła się powolna emigracja zarobkowa do Niemiec. W 1914 r. nastąpiła kolejna rozbudowa kościoła.
Do 1954 r. w Jonkowie była siedziba gminy Wrzesina.