W kolejnych latach doszło między nimi do zerwania. Brown przygotowywał się do objęcia katedry anatomii w jednej z powstających uczelni amerykańskich. O obsadzie katedry decydował Cullen, a ten miał go od wyjazdu odwieść, obiecując poparcie przy najbliższej wolnej katedrze w Edynburgu. Według syna Brown zgłosił w efekcie swoją kandydaturę w 1776 roku. Thomson zaprzeczył, by Cullen kiedykolwiek go do tego zachęcał, i powoływał się na akta rady miejskiej, z których miało wynikać, że Brown w ogóle nie znalazł się wśród kandydatów. Gdy Brown przedłożył mu pierwszy szkic , Cullen zorientował się, że dawny uczeń nie jest już jego zwolennikiem. Zerwanie przypieczętowała odmowa przyjęcia Browna do towarzystwa wydającego edynburskie rozprawy medyczne, z którego wyrosło późniejsze . Charles Creighton datował ten epizod na 1778 rok. Zdaniem syna Cullen odradzał Brownowi kandydowanie, a gdy Brown nie ustąpił, doprowadził do odrzucenia jego kandydatury głosami większości.