Śmierć W czerwcu 1939 roku Eckstein wraz z młodzieżą zorganizował manifestację patriotyczną, podczas której spalono kukłę Adolfa Hitlera. Według Rózia wydarzenie to przyczyniło się do jego aresztowania przez Niemców na początku września 1939 roku. Został rozstrzelany 8 października 1939 roku wraz z grupą innych więźniów na terenie cmentarza żydowskiego przy ul. Polnej w Świeciu. Rózio, opierając się na fragmentarycznych relacjach mieszkańców pobliskich domów, określił przynależność Ecksteina do pierwszej rozstrzelanej tego dnia grupy jako prawdopodobną. W przekazach zachowały się rozbieżne wersje jego ostatnich słów: według relacji przytoczonej przez Rózia po pierwszym postrzeleniu miał zawołać „Jeszcze Polska nie zginęła”, natomiast Kamiński podał wersję „Niech żyje Polska”.
W listopadzie 1945 roku jego szczątki ekshumowano wraz ze szczątkami około 30 innych ofiar i pochowano w zbiorowej mogile na cmentarzu przy ul. Sienkiewicza w Świeciu.
Upamiętnienie 7 października 1989 roku Kazimierz Eckstein został patronem Szkoły Podstawowej nr 8 w Świeciu;