Pod względem podziału fizycznogeograficznego Polski wieś leży na pograniczu trzech mezoregionów: Beskidu Sądeckiego, Pienin oraz Gorców. Ze wszystkich stron otoczona pasmami górskimi, usytuowana jest w dolinie Dunajca. Wysokość bezwzględna centrum miasta wynosi ok. 420–430 m n.p.m. Sam Rynek jest położony ok. 422 m n.p.m.
Gleby Gleby Krościenka przynależą głównie do V i VI klasy bonitacyjnej, ich jakość spada wraz z wzrostem wysokości bezwzględnej. Duża ich część narażona jest na erozję. W części południowej terytorium wsi z zalegających w podłożu wapieni jurajskich wykształciły się rędziny brunatne oraz gleby brunatne, należące do V i VI klasy bonitacyjnej. W części północnej i wschodniej, z piaskowcowych warstw o spoiwie wapiennym, ilastym oraz marglistym, wykształciły się gleby brunatne wyługowane, pseudobielicowe i glejowe. Doliny Dunajca i Krośnicy wyścielają mady rzeczne, przynależące do klas bonitacyjnych IIIa, IIIb i IVa.