Wody Wieś leży nad rzeką Dunajec, który płynie przez jej wschodnią część oraz nad potokiem Krośnica, który wpada do Dunajca na terenie miejscowości, na północ od Rynku. Znajduje się tu reprezentatywny dla Krośnicy punkt pomiarowo-kontrolny monitoringu jakości wód powierzchniowych. W 2021 r. potencjał ekologiczny wód potoku został sklasyfikowany jako umiarkowany, natomiast stan chemiczny – jako poniżej dobrego.
W prawobrzeżnej części Krościenka nad Dunajcem znajdują się źródła mineralne, szczawy alkaliczno-słone. Noszą one nazwy: „Stefan i Michalina” i „Maria”. Na rynku dostępne jest źródło słabo zmineralizowanej wody „Zdrój Ziemroźka”.
Klimat Według regionalizacji Eugeniusza Romera Krościenko znajduje się w rejonie zaciszy śródgórskich, natomiast zgodnie z regionalizacją klimatyczno-rolniczą Wincentego Okołowicza i Danuty Martyn leży w karpackiej dzielnicy rolniczo-klimatycznej. Najniższe notowane w tym regionie średnie temperatury są w styczniu (–8,1 °C), a najwyższe w lipcu (7,2 °C). Cechuje go piętrowość klimatyczna i występowanie wiatrów lokalnych (feny, wiatry górskie i dolinne). Średnie roczne opady wynoszą do 1750 mm.
Przyroda i ochrona środowiska