Powierzchnia zajmowana przez miejscowość została w całości objęta przez formy ochrony środowiska. Ścisłe centrum znalazło się na terenie Południowomałopolskiego Obszaru Chronionego Krajobrazu, południową część objął obszar Natura 2000 Pieniny oraz Pieniński Park Narodowy wraz z otuliną, a północną część – Popradzki Park Krajobrazowy wraz z otuliną. Przepływający przez Krościenko Dunajec w pobliżu Wyru i tzw. Krasu jest objęty ochroną przez obszar Natura 2000 Środkowy Dunajec z dopływami. Ponadto na terenie wsi znajduje się kilka pomników przyrody.
Pieniński Park Narodowy, którego Krościenko nad Dunajcem stanowi siedzibę, został utworzony w 1932 r., swoim zasięgiem obejmuje Masyw Trzech Koron, Pieniny Czorsztyńskie, Pieninki oraz Pieniński Przełom Dunajca. Na terenie PPN stwierdzono obecność ok. 1100 gatunków roślin naczyniowych (w tym endemitów: pszonaka pienińskiego i mniszka pienińskiego) oraz ponad 7 tys. gatunków zwierząt (ok. 235 gatunków kręgowców, 15 gatunków nietoperzy, ok. 160 gatunków ptaków oraz, według danych dla całego regionu Pienin oraz ok. 1600 gatunków motyli, w tym endemitu niepylaka apollo).