W okresie II wojny światowej w Krzyżkowicach pracowali robotnicy przymusowi z Polski. W styczniu 1945 przez Krzyżkowice przeszły kolumny więźniów niemieckich obozów koncentracyjnych. W toku tzw. „marszu śmierci” wiele osób zmarło lub zostało zamordowanych przez Niemców. Armia Czerwona wkroczyła do Krzyżkowic 23 marca 1945 w ramach operacji górnośląskiej. Od marca do maja 1945 powiat prudnicki znajdował się pod kontrolą radzieckiej komendantury wojskowej. 11 maja 1945 polska administracja przejęła władzę cywilną w powiecie prudnickim.

W latach 1945–1950 Krzyżkowice należały do województwa śląskiego, a od 1950 do województwa opolskiego. W latach 1945–1954 wieś należała do gminy Lubrza, w latach 1954–1961 do gromady Dytmarów, a w latach 1961–1972 do gromady Lubrza.

W 1949 we wsi znajdowała się szkoła podstawowa prowadzona przez Inspektorat Szkolny w Prudniku. W latach 1959–1989 stacjonowała w miejscowości Strażnica WOP Krzyżkowice.