Podczas powodzi w lipcu 1997 w Krzyżkowicach zalanych zostało wiele budynków mieszkalnych i gospodarczych, pola i łąki. Przez kilka dni niemożliwy był dojazd do wsi. W 2007 Krzyżkowice przystąpiły do Programu Odnowy Wsi Opolskiej. Zgodnie z rozporządzeniem z 18 grudnia 2008, 1 stycznia 2009 do wsi został włączony przysiółek KrzyżkowiceRozporządzenie Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji z dnia 18 grudnia 2008 r. w sprawie ustalenia, zmiany i zniesienia urzędowych nazw niektórych miejscowości oraz obiektów fizjograficznych ()..
Podczas powodzi we wrześniu 2024 w Krzyżkowicach doszło do podtopień i zalania posesji.
Przynależność państwowa i administracyjna + Przynależność polityczno-administracyjna wsi Krzyżkowice Okres Państwo Zwierzchnictwo Jednostka administracyjna 1321–1337 18px Królestwo CzechMorawy, ziemia prudnicka 1337–1382 18px Księstwo niemodlińskie 1382–1424 18px Księstwo niemodlińsko-strzeleckie 1424–1460 18px Księstwo głogówecko-prudnickie 1460–1521 18px Księstwo opolskie 1521–1532 18px Księstwo opolsko-raciborskieksięstwo opolskie 1532–1742 Monarchia Habsburgów Święte Cesarstwo Rzymskie księstwo opolsko-raciborskie, powiat sądowy prudnicki 1742–1806 Królestwo Prus Święte Cesarstwo Rzymskie kamera wrocławska, departament wrocławski, powiat prudnicki 1806–1815 Królestwo Prus 1815–1871 prowincja Śląsk,