W 1938 roku uzyskał roczne stypendium z Funduszu Kultury Narodowej na drugi wyjazd do Francji do École des Chartes.
II wojna światowa (lata 1939–1945) W 1939 roku został zmobilizowany i wziął udział w kampanii wrześniowej w 8 pułku piechoty Legionów 3 Dywizji Piechoty walczącej w Armii Odwodowej „Prusy”. Uczestniczył w bitwie pod Iłżą, później walczył na Lubelszczyźnie, gdzie w końcu września został ranny. Po zakończeniu działań wojennych powrócił do Warszawy, gdzie 7 kwietnia 1940 roku wstąpił do Związku Walki Zbrojnej, w którym został skierowany do Biura Informacji i Propagandy. Nie przerwał także działalności naukowej. W 1942 roku w mieszkaniu Stanisława Kętrzyńskiego obronił pracę doktorską Ze studiów nad genezą wypraw krzyżowych. Encyklika Sergiusza IV (1009–1012). Został również wykładowcą w tajnej Wolnej Wszechnicy Polskiej, gdzie prowadził wykłady dla żołnierzy Batalionów Chłopskich. Wiosną 1944 roku został kierownikiem Wydziału Informacji Biura, którą to funkcję pełnił także w czasie powstania warszawskiego. Po jego klęsce 5 października został wzięty do niewoli. Był więziony w obozach jenieckich: Stalagu 344 Lamsdorf, Oflagu II D Gross-Born, Stalagu X B Sandbostel i Oflagu X C Lübeck, z którego został wyzwolony. Do Warszawy powrócił 28 maja 1945 rokuTadeusz Paweł Rutkowski, Różne barwy przystosowania.