Podlegała pod Sąd Grodzki w Zambrowie i Okręgowy w Łomży; właściwy urząd pocztowy mieścił się w Kołakach.
W wyniku napaści ZSRR na Polskę we wrześniu 1939 miejscowość znalazła się pod okupacją sowiecką. Od czerwca 1941 roku pod okupacją niemiecką. Od 22 lipca 1941 do 1945 włączona w skład Landkreis Lomscha, Bezirk Bialystok III Rzeszy.
W Kołakach urodzili się m.in. ks. Kazimierz Hamerszmit – były więzień Dachau (KL), zmarły w opinii świętości, oraz polski historyk i badacz dziejów osadnictwa w Polsce Jerzy Wiśniewski. Podczas II wojny światowej w pobliskich lasach znajdowała się jedna z siedzib dowództwa Okręgu AK Białystok.
W latach 1954–1972 wieś należała i była siedzibą władz gromady Kołaki Kościelne. W latach 1975−1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa łomżyńskiego.
Nazwa wsi Od miejsca pochodzenia założyciela wsi – Kołak w gminie Grudusk, wywodzi się jej obecna nazwa. Wojciech Kołak herbu Kościesza chciał, aby jego wieś nazywała się Kołakowo, jednak nazwa ta nie przyjęła się.