W czasie potopu szwedzkiego najeźdźcy złupili miejscowy kościół, sprofanowali i zniszczyli wnętrze. Po zakończonej wojnie biskup poznański Wojciech Tolibowski dnia 17 IX 1661 r. poświęcił trzy nowe ołtarze, które przetrwały do 1894 r. W roku 1894 ówczesny proboszcz, ks. Aleksander Kobyliński, przebudował wnętrze, stawiając nowe ołtarze z czarnego dębu. W tym samym roku ufundowano plebanię w stylu dworku szlacheckiego.
12 kwietnia 1905 roku na zebraniu gminy w Kozłowie Biskupim podjęto uchwałę w sprawie wprowadzenia języka polskiego jako urzędowego w gminie oraz wykluczenia udziału strażników ziemskich i policji w zebraniach gminnych. Uchwała ta była przejawem narastania nastrojów narodowowyzwoleńczych na terenach wiejskich Królestwa Polskiego w czasie rewolucji 1905 – 1907 r. Na zebraniach wiejskich wysuwano w tym czasie daleko idące żądania polityczne, domagając się przede wszystkim szerokiego wprowadzenia swobód demokratycznych.