W powrócił on do swych rodzinnych Łowkowic. Tam kontynuował prace naukowe nad życiem pszczół, mieszkając od 1885 r. wraz ze swym bratankiem Franciszkiem w niewielkim domu z ogrodem, prowadząc, jak sam to określał, tryb życia pustelnika. Jan Dzierżon zmarł w wieku 95 lat. Jego grób znajduje się w Łowkowicach, natomiast w domu, w którym mieszkał pod koniec życia, mieści się izba jego pamięci. Pamiątek po Dzierżonie zachowało się niewiele. W 1927 Franciszek Dierżon przekazał pamiątki Narodowi Polskiemu na ręce pszczelarza Leopolda Pawłowskiego z Rudnika nad Sanem.1 grudnia 1939 r. skonfiskowała je niemiecka żandarmeria, podczas wojny uległy zniszczeniu i rozproszeniu.
Działalność naukowa
Jan Dzierżon opublikował w 1845 r. teorię mówiącą, że samce pszczół (trutnie) rozwijają się z niezapłodnionych jaj, a więc mają matkę, a nie mają ojca, zaś samice powstają z jaj zapłodnionych. Stał się tym samym odkrywcą zjawiska partenogenezy (dzieworództwa) u pszczół. Łącznie napisał 26 książek naukowych i ponad 800 artykułów. Współpracował m.in. z „Frauendörfer Blätter” i „Eichstädter Bienenzeitung”, a w latach 1854–1856 wydawał miesięcznik „Der Bienenfreund aus Schlesien”. Wiele z jego dzieł przetłumaczonych zostało na inne języki europejskie, w tym na język polski (m.in.