W latach 1939–1942 dotychczasową nazwą wsi było Klein Lunau, lecz po przeprowadzonej zamianie nazw miejscowości w Okręgu Rzeszy Gdańsk-Prusy Zachodnie, w latach 1942–1945 nazywała się Kleinlunau. W czasie II wojny światowej posiadała status wieś. W ramach akcji eksterminacyjnej prowadzonej przez Selbstschutz 24 listopada 1939 we wsi Klamry został rozstrzelany nauczyciel z Małych Łunaw – Kazimierz KlemańskiJ. Sziling, Dzieje Chełmna i powiatu w okresie okupacji, [w:] Dzieje Chełmna i jego regionu. Zarys monograficzny, red. M. Biskup, Toruń 1968, ss. 314-315..
Według informacji przekazanych przez władze PRL, na terenie wsi w 1946 r., stacjonujący od 1945 r. na Pomorzu (w tekście w Borach Tucholskich), Łupaszka wraz ze swoją bandą miał dokonać zabójstwa na funkcjonariuszu Milicji Obywatelskiej Wacławie JankowskimM. Wojciechowski, Kształtowanie i utrwalanie władzy ludwoej w Chełmnie i powiecie w latach 1945-1948, [w:] Dzieje Chełmna i jego regionu. Zarys monograficzny, red. M. Biskup, Toruń 1968, s. 359..