Analizy genetyczne sugerują zaskakująco niski poziom zróżnicowania genetycznego wśród hatterii, jak na tak starą linię ewolucyjną. Prawdopodobnie jest to wynikiem efektu wąskiego gardła, który mógł wystąpić w populacji tych gadów podczas cyklów lodowcowych na przełomie pliocenu i plejstocenu.
Sfenodonty były grupą stosunkowo liczną w triasie i jurze, jednak ich zapis kopalny z kenozoiku jest ubogi. Najbliższym znanym obecnie krewnym hatterii jest wczesnojurajski Cynosphenodon z obecnych terenów Meksyku.
Analizy filogenetyczne wykorzystujące cechy morfologiczne wskazywały na tuatarę jako takson siostrzany łuskonośnych, podczas gdy oparte na ograniczonym zestawie danych molekularnych sugerują jej bliższe pokrewieństwo z żółwiami i archozaurami. Analiza przeprowadzona przez Michaela Lee (2001) wykorzystująca zarówno cechy morfologiczne, anatomiczne, jak i molekularne, potwierdziła wyniki wcześniejszych analiz morfologicznych. Analizy filogenetyczne gadów wykorzystujące kompletny genom mitochondrialny oraz jądrowy hatterii również wspierają hipotezę o siostrzanych relacjach pomiędzy hatterią a łuskonośnymi. Analizy genetyczne grupują Sphenodon punctatus z Cieśniny Cooka bliżej populacji z North Brother (dawniej uznawanej za osobny gatunek S. guntheri) – również występującej na terenie Cieśniny Cooka – niż północnej populacji S.