Sphenodon guntheri został rozpoznany jako odrębny gatunek w 1877 roku przez Waltera Bullera, jednak do roku 1990 S. guntheri był przeważnie klasyfikowany w obrębie S. punctatus. Po 1990 większość naukowców zgadzała się co do zasadności wyodrębnienia S. guntheri jako osobnego gatunku, jednak badania Jennifer Hay i współpracowników z 2010 roku sugerują, że S. punctatus i S. guntheri reprezentują nie osobne gatunki, lecz odmiany geograficzne tego samego gatunku. Analizy kompletnego genomu hatterii potwierdzają odrębność populacji z North Brother, jednak nie na poziomie gatunkowym, w związku z czym nazwa S. guntheri jest obecnie uznawana za synonim nazwy S. punctatus. Kolejny gatunek hatterii – podobny do dwóch poprzednich, lecz nieco mniejszy – zidentyfikował w listopadzie 1885 roku William Colenso, który opisał go w oparciu o na wpół skamieniały okaz i nazwał S. diversum. S. punctatus dzieli się na dwa podgatunki – S. punctatus punctatus, występujący na Bay of Plenty i wyspach położonych dalej na północ, oraz S. punctatus reischeki, którego przedstawiciele żyją w okolicy Cieśniny Cooka. W 2009 roku opisano trzy niekompletne kości zębowe należące do przedstawicieli grupy Sphenodontinae, przez autorów przypisane wstępnie do rodzaju Sphenodon, pochodzące z wczesnego miocenu, około 19–16 mln lat temu.