Jakkolwiek kontyngenty dostarczone powstańcom przez Ateńczyków i Eretrejczyków nie odegrały większej roli w przebiegu konfliktu (zostały one wycofane jeszcze w roku 498 p.n.e., po klęsce Greków pod Efezem), fakt uczestnictwa w antyperskim przedsięwzięciu przez obywateli tych miast – a przede wszystkim ich udział w spaleniu Sardes – miał zdaniem Herodota z Halikarnasu wzbudzić chęć odwetu ze strony Dariusza I Wielkiego (522–486 p.n.e.), władcy imperium perskiego. Wśród badaczy można spotkać także pogląd, że inwazja Persów na Grecję była naturalną konsekwencją ich imperializmu lub też była motywowana chęcią zabezpieczenia władzy nad Azją Mniejszą.

Już w roku 492 p.n.e. Dariusz wysłał do Europy wojsko pod wodzą swego zięcia, Mardoniusza (Mardoniosa). Jakkolwiek według Herodota już ta ekspedycja miała na celu ukaranie obywateli Aten i Eretrii za wsparcie powstania jońskiego, najprawdopodobniej zadaniem Mardoniusza było odzyskanie kontroli nad Macedonią i Tracją. Perskiemu wodzowi udało się zająć wyspę Tazos i ponownie narzucić zwierzchnictwo perskie Macedonii, ale sztorm w pobliżu przylądka Atos, który zniszczył znaczną część floty perskiej, oraz straty poniesione w walkach z Trakami zmusiły go do odwrotu do Azji. W roku 491 p.n.e.