W styczniu 1935 interweniował u Bernharda Rusta w obronie zaplanowanej przez KWG uroczystości ku pamięci chemika Fritza Habera, który zmarł na emigracji po wydaleniu go za odmowę zwolnienia żydowskich pracowników Instytutu Chemii Fizycznej KWG. Uroczystość, która była jedynym publicznym protestem środowiska naukowego w III Rzeszy, odbyła się ostatecznie w okrojonym kształcie bez udziału profesorów uniwersyteckich.
Po wejściu w życie ustaw norymberskich jesienią 1935 Planck przekonał Fundację Rockefellera do utrzymania wsparcia finansowego dla budowy w Berlinie. Jednocześnie za cenę podporządkowania się nowym prawom III Rzeszy uzyskał od jej rządu przy pośrednictwie kół przemysłowych i bankowych obietnicę pokrycia przyszłych kosztów działalności instytutu.
29 maja 1937 ustąpił z funkcji przewodniczącego KWG na rzecz Carla Boscha, prezesa IG Farben, w związku z dążeniem KWG do wzmocnienia własnej pozycji wobec państwa poprzez zacieśnienie związków z niemieckim przemysłem. Swoją decyzję w tej sprawie ogłosił już na początku 1936.