Władca nieba zaczął więc obawiać się, że urodzone z tego związku dziecko odbierze mu władzę. Połknął więc Metydę noszącą jego córkę. Począł po tym cierpieć na bóle głowy, które utrzymywały się dłuższy czas. Wezwał więc do siebie boskiego kowala, Hefajstosa, któremu polecił rozłupać sobie czaszkę toporem, aby dojść do przyczyny złego stanu zdrowia i ją usunąć..
Gdy Hefajstos uderzył w głowę swego ojca, wyskoczyła z niej Atena ubrana w jasną zbroję. Wydała od razu okrzyk wojenny.
Inny mit mówi, że po urodzeniu Ateny Hera pozazdrościła swemu mężowi, że wydał na świat dziecko bez jej pomocy. W efekcie zrodziła Hefajstosa. Wedle innej wersji jest on synem zarówno Zeusa, jak i Hery, natomiast dzieckiem zrodzonym wyłącznie z Hery na skutek jej gniewu na Zeusa za samodzielne zrodzenie Ateny jest Tyfon, olbrzymi skrzydlaty potwór pokonany przez Zeusa.
Ojcem Ateny rzekomo miał być również Pallas o kozich nogach.
Imię i przydomki Jan Parandowski wysuwa hipotezę, że imię bogini bierze swój źródłosłów od przedgreckiej nazwy Aten, a dla Greków imię to znaczyło „Atenka”.