W 1514 roku kościół świętych Piotra i Pawła w Pomnychowie również wcielono do uposażenia klasztoru. W XVI wieku rozwijały się szybko i bogaciły się. Przez Pomiechówek przebiegały dwa ważne szlaki: Zakroczym – Psucin – Nasielsk i Zakroczym – Pomiechówek – Serock – z przeprawą przez Wkrę w Szczypiornie.
W czasie potopu szwedzkiego (1655–1660) wojska szwedzkie założyły w Modlinie (6 km od Pomiechówka) obóz warowny, otoczony ziemnymi umocnieniami (tzw. Bukskansen), w którym przebywał król Karol X Gustaw. Około 150 lat później, w 1806 roku, w czasie kampanii napoleońskiej, okolice Pomiechówka, konkretnie łąki w dolinie Wkry i Narwi między Pomiechówkiem, Czarnowem a Nowym Dworem Mazowieckim, były areną zaciętej bitwy pomiędzy wojskami francuskimi i rosyjskimi. Jedna z dużych bitew tej kampanii została stoczona w nocy przed Bożym Narodzeniem – 23 grudnia 1806 roku na łąkach w okolicy Czarnowa. Artyleria rosyjska znajdowała się na wzgórzach w okolicy Czarnowa, wzdłuż drogi Pomiechówek – Serock. Pomiechowo zostało zniszczone pożarem w wyniku działań wojennych. W kościele w Pomiechowie znajdował się szpital polowy armii francuskiej.