W pierwszych latach życia Bernard pozostawał pod wyłączną opieką matki, która zaszczepiła w nim głęboką wiarę i nauczała go, gdyż byłą wykształconą kobietą. Po ukończeniu siódmego roku życia został oddany na wychowanie ojcu, jednak w przeciwieństwie do swych starszy braci, został zwolniony z konieczności uczenia się walki. Około 1098 roku rozpoczął naukę szkole św. Werola w Châtillon-sur-Seine. Według przekazów Gotfryda z Auxerre, Bernard miał wówczas doznać objawienia Matki Bożej rodzącej Jezusa. Tę samą wersję przekazał Jakub de Voragine w „Złotej legendzie”. Pomimo, że żadne z ówczesnych źródeł o tym nie wspomina, to powstała wówczas także legenda o karmieniu Bernarda piersią przez Maryję. Motyw ten był często wykorzystywany w sztuce.
W szkole początkowo studiował łacinę, a następnie gramatykę, retorykę i dialektykę. W czasie nauki, zmarła jego matka Aleta. Po ukończeniu kursu trivium zaczął uczyć się pozostałych czterech sztuk wyzwolonych: arytmetyki, geometrii, astronomii i muzyki. Według przekazów Bernard był przystojnym mężczyzną, przykuwającym zainteresowanie kobiet, którym zdarzało mu się ulegać. Początkowo planował odbyć pielgrzymkę do Jerozolimy, jednak ostatecznie postanowił wstąpić do klasztoru cystersów w Citeaux.