Jego bracia usiłowali odwlec go od tego zamiaru, proponując wysłanie na studia literackie do Niemiec. W 1112 roku jego ojciec i bracia uczestniczyli w oblężeniu zamku w Grancey, a Bernard wraz z bratem matki Gauderykiem z Touillon postanowił odstąpić od zamiaru dalszych studiów i wstąpić do klasztoru. Przekonał do tego także swych młodszych braci: Bartłomieja i Andrzeja. Z większym trudem udało mu się także przekonać swych dwóch starszych braci: Gerarda i Gwidona. Siostra Humbelina i najmłodszy z rodzeństwa Niward również dołączyli do Bernarda. Werbował także dalszych członków rodziny i znajomych i wiosną 1113 roku zgromadził około trzydziestu ochotników, z którymi udał się do Citeaux.
Klasztor Opatem był wówczas Stefan Harding. W terenach klasztornych trzeba było początkowo zatrudnić świeckich braci, by pomogli w uprawie ziemi. Po przybyciu do klasztoru, Bernard skupił się na odcięciu od doczesnego świata i podporządkowaniu regule benedyktyńskiej, a nawet powziął dodatkowe umartwienia cielesne. Doprowadziło go to do bólów żołądka i ogólnego pogorszenia stanu zdrowia. Z tego powodu nie mógł uczestniczyć w cięższych pracach jak np. żniwa – kierowano go wówczas do zamiatania klasztoru lub zmywania naczyń. Poza studiami nad regułą i Biblią, czytał także Orygenesa, Cycerona, Augustyna z Hippony i Anzelma z Canterbury.