Pierwszy sezon podopieczni holenderskiego szkoleniowca zakończyli na 11. miejscu. W 2000 roku klub zdecydował się na grę w Pucharze Intertoto odpadając w trzeciej rundzie z Brentford F.C. Rok później w sezonie 2000/2001 żółto-niebiescy powtórzyli najlepsze osiągnięcie w historii klubu, zajmując siódme miejsce. W latach 2001/2002, 2002/2003 i 2003/2004 ekipa z południowej części kraju uplasowała się odpowiednio na ósmej, dziewiątej i jedenastej pozycji. Dla Martina Jola sezon 2003/2004 był ostatnim na Mandemakers Stadion. Zakończył się tym samym pewien etap w dziejach klubu. Schedę po Jolu przejął Erwin Koeman a drużyna pod jego wodzą zakończyła rozgrywki ligowe 2004/2005 na dziewiątej lokacie. W przedostatnim sezonie przed spadkiem w Eredivisie żółto-niebiescy uplasowali się na miejscu dającym im możliwość walki o udział w Pucharze Intertoto gdzie drużyna odpadła z dalszej rywalizacji po pierwszej rundzie w dwumeczu z Vittese (4-4 i 0-2). W sezonie 2006/2007 nastąpiła degradacja i klub musiał opuścić najwyższą klasę rozgrywką w Holandii, po dziewiętnastu łatach kończąc sezon na 17. miejscu. Play-offy o pozostanie w lidze dla ekip z Eredivisie rozpoczęły się od drugiej rundy, w której to gracze RKC potrzebowali trzeciego meczu  aby wyeliminować FC Dordrecht.