W finale zespół prowadzony przez Adrie Kostera nie sprostał VVV-Venlo przegrywając tym razem w dodatkowym spotkaniu na De Koel. Na powrót do najwyższej klasy piłkarskiej w Holandii ekipa RKC czekała dwa lata. Pierwszy sezon po spadku żółto-niebiescy zakończyli na drugim miejscu i choć strata do lidera FC Volendam wynosiła tylko sześć punktów, podopiecznym trenera Željko Petrovicia przyszło mierzyć się w play-offach o awans. Po wyeliminowaniu MVV Maastricht, ekipę prowadzoną przez Pertovića czekała potyczka z ADO Den Haag, któremu to ostatecznie nie sprostała. W sezonie 2007/2008 funkcję pierwszego szkoleniowca RKC przejął Ruud Brood. Rok później w sezonie 2008/2009 pod jego wodzą zespół nie wygrał Eerste Divisie, ale poradził sobie w barażach, wygrywając w trzecim meczu z De Graafschap. W najwyższej klasie rozgrywkowej sezonu 2009-2010 zespół zajął ostatnie miejsce i spadł do Eerste Divisie. W sezonie 2010/2012 RKC awansował ponownie do Eredivisie, zostając mistrzem Eerste Divisie. W Eredivisie w sezonie 2012/2013 zespół zajął 14. miejsce. Po kolejnym spadku na koniec sezonu 2013/2014 RKC Waalwijk zajął 20. miejsce w sezonie 2014/2015 ale drużyna uniknęła spadku do trzeciej ligi ponieważ obaj mistrzowie Derde Divisie odmówili awansu do Eerste Divisie.