W okolicach Muszyny działali podczas powstania konfederaci barscy. Po śmierci marszałka konfederatów Jakuba Bronickiego, 17 kwietnia 1769 w Muszynie wybrano Ignacego Potockiego, starostę kaniowskiego, Marszałkiem Konfederacji Ziemi Sanockiej. Po przejściu jego z marszałkostwa sanockiego na marszałka lwowskiego, na sejmiku w Sanoku 13 listopada 1769. Marszałkiem Konfederacji Ziemi Sanockiej wybrano Filipa Radzimińskiego – starostę dmitrowskiegoAkta grodzkie i ziemskie, t. 23, s. 598..
Muszyna wraz z kluczem pozostawała własnością biskupstwa krakowskiego do 1781 r., a po rozbiorach przeszła na rzecz skarbu austriackiego. Mimo że zaborca pozostawił istniejące instytucje, z czasem miejscowość zaczęła podupadać.
W 1876 roku uruchomiono prowadzącą przez miejscowość linię kolejową tarnowsko-leluchowską.
W latach 1975–1998 miasto leżało w województwie nowosądeckim.